Hijo del comerciante español Juan José Duarte y de Manuela Díez, oriunda de El Seibo, República Dominicana, hija a su vez de padre español y madre dominicana.
Cuando las tropas del haitiano Toussaint Louverture llegaron al país en 1801, los Duarte viajan a Puerto Rico, donde nació su hijo Vicente Celestino. La familia regresó terminada la guerra de la Reconquista en 1809, cuando el país volvió a ser colonia española.
Siendo joven, Juan Pablo Duarte viajó a Estados Unidos y Europa. Cursó estudios en España y se convirtió en el líder de la Trinitaria, una sociedad secreta de ideas independentistas.
Duarte puso parte de sus bienes al servicio de la independencia, provocando su ruina económica y la de su familia, poseedora de muchos bienes procedentes del comercio marítimo que creó su padre.
En el año 1843, cuando se inició la guerra de la Independencia contra la dominación haitiana, Juan Pablo Duarte encabezó a los insurgentes. Fracasada la rebelión, de carácter liberal progresista, se exilió en Venezuela.
En 1844 regresó tras la llamada que le hacen los dirigentes del movimiento iniciado el 27 de febrero, Bobadilla y Santana, para luchar por la independencia de la República Dominicana.
Juan Pablo Duarte llegó a la presidencia de la nueva República, pero por muy poco tiempo, ya que las desavenencias con Francisco del Rosario Sánchez le llevaron a ceder el poder tras el triunfo de la insurrección del general Pedro Santana. Los conservadores quisieron someter la nación a las potencias coloniales. Expulsado del país, se refugió nuevamente en Venezuela.
Con el triunfo de los independentistas dominicanos ofreció sus servicios a los nuevos dirigentes, quienes le encomendaron el desempeño de funciones diplomáticas.
El 24 de marzo de 1864, regresó a Santo Domingo para ponerse a las órdenes del gobierno restaurador en armas de Santiago de los Caballeros, que lo nombra su representante con la misión de obtener apoyo de Venezuela y otros países en la lucha contra España.
El 19 de febrero de 1875, el presidente Ignacio María González le pide retornar a la patria. Permanecía en Venezuela, donde fue bien recibido junto a su familia, subsistiendo con los ingresos de una fábrica de velas.
Juan Pablo Duarte falleció el 15 de julio de 1876 en Caracas. En 1884, sus restos mortales son trasladados a Santo Domingo. El 27 de febrero de 1944 sus restos, junto a los de Sánchez y Mella, son sepultados en la Puerta del Conde, Altar de la Patria.
Se le reconoce como Padre de la Patria junto a Francisco del Rosario Sánchez y a Ramón Matías Mella.
«Nuestra Patria ha de ser libre e independiente de toda Potencia extranjera o se hunde la isla»
Juan Pablo Duarte
