Proclamada la independencia, Félix María Ruiz participó en los planes que buscaban llevar a Duarte a la presidencia de la República lo que fue impedido por Pedro Santana en junio de 1844.
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La Trinitaria fue el más importante instrumento para la lucha independentista. Después de la proclamación de la independencia en la que Félix María Ruiz tomó parte, participó como militante de los intereses trinitarios, en los planes que buscaban llevar a Duarte a la presidencia de la República lo que fue impedido por Pedro Santana en junio de 1844.
Perseguido desde entonces por el gobierno de Pedro Santana, quien tomó el control de la Junta Central Gubernativa, Félix María Ruiz fue encarcelado, juzgado como traidor a la patria, y expulsado del país a perpetuidad junto a los líderes trinitarios. A partir de 1889 recibió una pensión del Estado Dominicano, en reconocimiento de su labor patriótica.
Se estableció para siempre en Venezuela, pero se mantuvo fiel al ideario Duartiano. Envejecido y enfermo falleció en Venezuela en 1891. Posteriormente sus restos fueron trasladados a la República Dominicana, reposando en la Capilla de los Inmortales, de donde fueron llevados al Panteón de la Patria.
Tomado de: Enciclopedia Dominicana, Tomo 6, Pag. 168.