Nació en la ciudad de Santo Domingo el 19 de noviembre de 1817. Estudió latinidad y filosofía con el presbítero Gaspar Hernández, y fue de los nueve fundadores de La Trinitaria, en cuya casa, el 16 de julio de 1838, quedó constituida la patriótica sociedad secreta.
Considerado el primer espadachín de la época, tomó parte en el Movimiento de la Reforma que contra Boyer estalló en Praslin, a principio de 1843. Juan lsidro Pérez fue de los que en Santo Domingo, el 24 de marzo de ese año, tomó parte activa y se destacó tanto que fue nombrado por aclamación capitán de una de las compañías de la Guardia Nacional y Juan Pablo Duarte propuesto coronel comandante del mismo cuerpo.
Ante la persecución desatada por los nuevos gobernantes haitianos que invadieron Santo Domingo para consolidar su permanencia, Juan Pablo Duarte, Pedro Alejandrino Pina y Juan lsidro Pérez salieron del país, regresando a bordo del Bergantín Leonor, ya proclamada la independencia de febrero de 1844.
Fue Secretario de la Junta Central Gubernativa desde el 9 de junio hasta el día 12 del citado mes, cuando Pedro Santana, después de ocupar militarmente la capital, disolvió la Junta y se hizo proclamar jefe supremo de la nación. Ese día una turba de campesinos seguidores de Santana intentó asesinar a Juan lsidro Pérez, que se protegió en el consulado francés.
El 22 de agosto fue declarado junto a Duarte y otros trinitarios como traidor a la patria y extrañado a perpetuidad de la República Dominicana. Estando en el exilio comenzó a dar muestras de demencia, regresando al país en 1848, durante el gobierno de Jimenes. Aún bajo la lamentable condición de enfermo, el ilustre Loco, como lo llamaron, fue varias veces prisionero.
Falleció el 7 de febrero de 1868 atacado de cólera, en el Hospital Militar de la ciudad de Santo Domingo.
Tomado de: Enciclopedia Dominicana, Tomo 5, Pag. 222.
